Lange hatte man in der Führungsetage des FC Bayern München argumentiert und die Vorteile einer reinen Fußballarena in München immer wieder betont, denn im Münchner Olympiastadion, der damaligen Heimstätte des FC Bayern München, störte unter anderem die dortige Laufbahn die Stimmung im Stadion sehr stark.

Am 21. Oktober 2002 war es dann endlich soweit, an diesem Tag wurde der Grundstein für die Allianz Arena, im Münchner Vorort Fröttmaning, gelegt. Im April 2005 wurden die Arbeiten an dem Stadion dann endlich abgeschlossen und den beiden damaligen Eigentümervereinen übergeben.

Im Vorfeld des eigentlichen Eröffnungsspiels trafen dann vor rund 30.000 Zuschauern die Traditionsmannschaften des FC Bayern und des TSV 1860 München im direkten Duell aufeinander. Dieses Spiel, welches am 19. Mai 2005 stattfand, konnten die Löwen mit 3:2 gewinnen.

Diese Begegnung diente vor allem als eine Art Testlauf für den späteren Stadionbetrieb im Spielbetrieb der beiden Münchner Vereine.</p>

Am 30. Mai 2005 wurde die Allianz Arena dann mit einem Freundschaftsspiel, in dem die Münchner Löwen den 1. FC Nürnberg mit 3:2 besiegen konnten, eröffnet. Das erste Tor in einem offiziellen Spiel in der Allianz Arena erzielte dabei der 60er Patrick Milchraum.

Nur einen Tag später feierte dann auch der FC Bayern München seine Premiere vor heimischem Publikum in der neuen Spielstätte und traf dabei auf die deutsche Fußball-Nationalmannschaft. Dieses Spiel konnte der FC Bayern mit 4:2 gewinnen und so ebenfalls eine gelungene Premiere in der neuen Heimstätte feiern.

Sah es damals noch stark danach aus, dass München bald wieder zwei erstklassige Fußballvereine beherbergen würde, so wurde man rund zwölf Jahre später eines Besseren belehrt. Denn nach dem Abstieg des TSV 1860 München in die vierte Liga sah sich der Verein nicht mehr dazu in der Lage, den bestehenden Mietvertrag mit dem FC Bayern München zu erfüllen. Daher wurde dieser im Juli 2017 aufgelöst, womit die Zeit der Löwen in der Allianz Arena heute der Vergangenheit angehört.

Eigentümer der Allianz Arena ist heute mit der Allianz Arena München Stadion GmbH eine hundertprozentige Tochtergesellschaft des FC Bayern München.

Am 5. August 2018 waren dann die Umbauarbeiten in der Allianz Arena abgeschlossen und das Stadion erstrahlte, einen Jahr nach dem Auszug der 60er-Löwen, endlich komplett in Rot und Weiß. Zu diesem Zweck wurden unter anderem die Sitzschalen entfernt und durch solche in den Farben des FC Bayern ersetzt. Zudem wurden auch die Stufen und auch die Seitenwände in den einzelnen Blöcken in den Farben des FC Bayern umgestaltet.

Im ersten Spiel in der neugestalteten Heimstätte bezwang der FC Bayern München, vor 75.000 Zuschauern, Manchester United mit 1:0.

Den bisherigen Tiefpunkt in der Geschichte des FC Bayern in der heimischen Arena stellt bis heute das Champions League Finale im Jahr 2012 dar. Dort erreichte der FC Bayern München das Finale „dahoam“ (Bayrisch: daheim), welches gegen den FC Chelsea nach Elfmeterschießen mit 4:3 verloren wurde.